補助金と消費税｜なぜ対象経費は「税抜」なのか、仕入控除税額とは何か

2026年10月26日｜著者：橋口 翔太（代表取締役）

「3,000万円の設備だから、2/3で2,000万円」。実際はそうなりません。税込なのか税抜なのかで、金額が変わります。

消費税は補助対象外です

公租公課（消費税及び地方消費税額（以下「消費税等」という）等）

中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募）3-1 補助対象外経費

補助金交付申請額の算定段階において、消費税等は補助対象経費から除外して算定してください。

同 3-1

除外して算定する。 つまり、税込3,300万円の設備なら、対象経費は3,000万円です。補助率2/3なら2,000万円。税込額に補助率をかけるのではありません。

単価50万円以上という機械装置の基準も、税抜で判定します。税込52万円の装置は、税抜47万円程度なので基準を満たしません。見積書を見るときは、必ず税抜単価を確認してください。

消費税等仕入控除税額とは

こちらは少し込み入ります。

交付申請書提出の際、消費税及び地方消費税額等仕入控除税額を減額して記載しなければなりません。

同 7-4

補助事業者が課税事業者である場合、補助事業に係る課税仕入に伴い、消費税及び地方消費税の還付金が発生することになるため、この還付と補助金交付が重複しないよう、課税仕入の際の消費税及び地方消費税相当額について、原則としてあらかじめ補助対象経費から減額しておくこととします。この消費税及び地方消費税相当額を「消費税等仕入控除税額」といいます。

同 7-4

構造を分解します。

「補助金をもらった分だけ消費税を返せ」ではありません。 最初から、消費税は計算に入れない。それだけです。

免税事業者・簡易課税の場合

免税事業者や簡易課税を選択している事業者は、設備購入時の消費税を実額では控除できません。この場合の取扱いは、申告の方式によって変わります。

ここは税務の判断になりますので、私からは断定しません。 顧問税理士にご確認のうえ、事務局にも照会してください。交付申請書の記載方法が変わります。

なお、小規模事業者持続化補助金にはインボイス特例という上乗せがあり、免税事業者から課税事業者に転換する場合に補助上限が上がります。制度ごとに消費税の扱いは異なります。

補助金そのものに消費税はかかるか

補助金の受け取りは、原則として課税の対象外（不課税取引）です。対価性がないためです。経理上は、支払を受けた事業年度の収入として計上します。

補助金は経理上、支払を受けた事業年度における収入として計上するものです

同 7-4

法人税の課税対象にはなります。益金として計上される補助金に対して、同額を損金算入する圧縮記帳という方法がありますが、適用できるかどうかは個別事情によります。顧問税理士にご確認ください。

補助対象外になる公租公課は他にもあります

消費税だけではありません。公租公課一般が対象外です。

• 消費税・地方消費税
• 印紙税
• 自動車税・重量税などの各種税金
• 登録免許税

設備導入に伴ってかかる税金は、原則として対象外と考えてください。

先に確かめておくこと

1. 見積書が税抜表示になっているか

2. 機械装置の単価が、税抜で50万円以上か

3. 自社の消費税の申告方式

原則課税か、簡易課税か、免税か。

4. 税込で支払う資金が用意できるか

まとめ

• 補助対象経費は税抜。消費税は公租公課として対象外
• 単価50万円以上の基準も税抜で判定する
• 交付申請では消費税等仕入控除税額を減額して記載する
• 理由は、仕入税額控除で戻る分と補助金の二重取りを避けるため
• 支払いは税込。戻る時期がずれるので資金計画に注意
• 免税事業者・簡易課税の扱いは顧問税理士と事務局に確認

当社は税理士事務所ではありませんので、税額の判断は顧問税理士にご相談ください。補助金側の計算は無料相談でご一緒に確認できます。

出所：中小企業省力化投資補助事業（一般型）公募要領（第8回公募）3-1、7-4

※税務上の取扱いは個別事情により異なります。顧問税理士または所轄税務署にご確認ください。