株式譲渡と事業譲渡、補助金ではどう違うか｜形態で申請者も要件も変わります

2026年10月28日｜著者：橋口 翔太（代表取締役）

M&Aのスキームを決めるとき、税務・法務の観点で比較するのが通例です。補助金の観点でも違いが出ます。

対象となる形態の一覧

買い手支援類型（Ⅰ型）

承継者（法人）：株式譲渡／第三者割当増資／株式交換／吸収合併／吸収分割／事業譲渡

承継者（個人事業主）：株式譲渡／第三者割当増資／事業譲渡

事業承継・M&A補助金（16次公募）専門家活用枠 公募要領 6.2

売り手支援類型（Ⅱ型）

対象会社＋対象会社の支配株主又は株主代表：株式譲渡／株式譲渡＋廃業

被承継者：第三者割当増資／株式交換／株式移転 ほか

同 6.2

個人事業主が買い手になる場合、使える形態が3つに絞られます。 吸収合併・吸収分割・株式交換は、法人でなければできません。

株式譲渡の論点：議決権の過半数

株式譲渡後において、譲渡後に承継者が保有する被承継者（対象会社）の議決権が過半数に満たない場合

同 6.1、対象外の例

過半数に満たない株式譲渡は対象外です。49%取得して経営に参画する、という形は補助対象になりません。

ここは「実質的な支配」ではなく、議決権の数で判定されます。種類株式や議決権制限株式がある場合は、普通株式の数ではなく議決権で計算してください。

事業譲渡の論点：有機的一体な経営資源

事業譲渡において、有機的一体な経営資源（設備、従業員、顧客等）の引継ぎが行われていない場合

同 6.1、対象外の例

設備だけ、顧客リストだけ、では対象になりません。

物品・不動産等のみの売買に相当する場合

同 6.1、対象外の例

事業譲渡は、形式上は資産の売買です。そのため、何を引き継ぐかによって「M&A」なのか「物の売買」なのかが分かれます。

従業員の引継ぎがあるかどうかが、実務上はいちばん分かりやすい指標になります。

税務・法務の検討が先です。 補助金は、決まった形態が対象になるかを確認する立場で使ってください。

譲渡価格の合理性

どちらの形態でも、価格が問われます。

事業再編・事業統合における取引価格が、補助対象経費（専門家への委託費用等）に比して低額等であり、取引価格の合理性が確認できない場合

・事業譲渡における譲渡価格が0円（無償）である取引や、株式譲渡における株価1円である取引等のうち、取引価格の合理性が確認できない場合

同 6.1、対象外の例

1円株式譲渡・0円事業譲渡は、合理性が確認できなければ対象外です。

債務超過の会社を1円で引き受ける、というスキームは実務で珍しくありません。この場合、なぜその価格なのかを説明できる資料が必要になります。 純資産がマイナスであること、債務を引き受けること、DDの結果など、価格の根拠を残してください。

親族間・グループ内は対象外

・グループ内の事業再編に相当する場合

・親族間の事業承継に相当する場合

同 6.1、対象外の例

形態にかかわらず、親族間の承継とグループ内再編は対象外です。

親子間・兄弟間で事業を引き継ぐなら、専門家活用枠ではなく事業承継促進枠を見てください。こちらは親族内承継・従業員承継を前提にした枠で、補助上限は800万円（賃上げ要件を満たせば1,000万円）です。

休眠会社は対象外

休眠会社や、事業の実態がない状態の会社におけるM&A等

・開業直後の事業主からの事業譲渡等において、その正当性が確認できない場合

同 6.1、対象外の例

許認可だけを目的に休眠会社を買う、という形は対象になりません。

先に確かめておくこと

1. 形態（株式譲渡・事業譲渡・その他）

2. 株式譲渡なら、取得後の議決権比率

過半数を超えるか。

3. 事業譲渡なら、何を引き継ぐか

設備・従業員・顧客・取引先。リストにしてください。

4. 譲渡価格と、その根拠

5. 当事者が親族関係・グループ関係にないか

まとめ

• 形態によって申請者も要件も変わる
• 株式譲渡は取得後の議決権が過半数であること
• 事業譲渡は有機的一体な経営資源の引継ぎが要件。設備だけでは不可
• 1円株式譲渡・0円事業譲渡は、価格の合理性を説明できること
• 親族間・グループ内再編・休眠会社は対象外
• 個人事業主が買い手なら、使える形態は3つ

スキームの検討段階からご相談いただくのが、いちばん手戻りが少ないです。

出所：事業承継・M&A補助金（16次公募）専門家活用枠 公募要領 6.1、6.2

※制度内容は公募回により変わります。スキームの税務・法務上の検討は、顧問税理士・弁護士にご相談ください。